Ubuntu16.04にRをインストールする方法

序章

Rは、統計計算とグラフィックスを専門とする人気のあるオープンソースプログラミング言語です。統計ソフトウェアの開発やデータ分析に広く利用されています。 Rは簡単に拡張でき、コミュニティは特定の研究分野向けにユーザーが生成したパッケージを継続的に追加することで知られており、多くの分野に適用できます。

このチュートリアルでは、Rをインストールし、公式の Comprehensive R Archive Network（CRAN）からパッケージを追加する方法を示します。

前提条件

フォローするには、次の機能を備えたUbuntu16.04サーバーが必要です。

最低1GBのRAM
sudo権限を持つroot以外のユーザー。これを設定する方法については、初期サーバー設定ガイドに従ってください。

これらの前提条件が整ったら、始める準備ができています。

ステップ1—Rのインストール

Rは動きの速いプロジェクトであり、最新の安定バージョンがUbuntuのリポジトリから常に入手できるとは限らないため、CRANによって管理されている外部リポジトリを追加することから始めます。

注： CRANはネットワーク内にリポジトリを維持しますが、すべての外部リポジトリが信頼できるわけではありません。信頼できるソースからのみインストールしてください。

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

OutputE298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
gpg: requesting key E084DAB9 from hkp server keyserver.ubuntu.com
gpg: key E084DAB9: public key "Michael Rutter <[email protected]>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1  (RSA: 1)

各サーバーのデータベースに信頼できるキーがあれば、リポジトリを追加できます。

sudo add-apt-repository 'deb [arch=amd64,i386] https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/'

新しいリポジトリからパッケージマニフェストを含めるには、この後にupdateを実行する必要があります。

sudo apt-get update

Output. . .
Get:6 https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ InRelease [3,590 B]
Get:7 https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu xenial/ Packages [31.5 kB]
. . .

上記の行がupdateコマンドからの出力に表示される場合は、リポジトリが正常に追加されています。古いバージョンを誤ってインストールすることはありません。

これで、Rをインストールする準備が整いました。

sudo apt-get install r-base

この記事の執筆時点では、CRANの最新の安定バージョンは3.3.1であり、Rを起動すると表示されます。システム上のすべてのユーザーにサンプルパッケージをインストールすることを計画しているため、Rをrootユーザーとして起動し、すべてのユーザーがライブラリを自動的に使用できるようにします。

sudo -i R

OutputR version 3.3.1 (2016-06-21) -- "Bug in Your Hair"
. . .
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.
>

これにより、Rが正常にインストールされ、インタラクティブシェルに入ったことを確認できます。

ステップ2—CRANからのRパッケージのインストール

Rの強みの一部は、アドオンパッケージの豊富さです。デモンストレーションの目的で、txtplotをインストールします。これは、散布図、折れ線グラフ、密度プロット、acf、棒グラフなどのASCIIグラフを出力するライブラリです。

install.packages('txtplot')

インストールプロセスの一環として、インストールするミラーの選択肢が表示されます。

Output--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
HTTPS CRAN mirror

1: 0-Cloud [https]                 2: Algeria [https]
3: Australia (Melbourne) [https]   4: Australia (Perth) [https]
5: Austria [https]                 6: Belgium (Ghent) [https]
7: Brazil (SP 1) [https]           8: Bulgaria [https]
9: Canada (MB) [https]            10: Chile [https]
11: China (Beijing 4) [https]      12: Colombia (Cali) [https]
13: Czech Republic [https]         14: Denmark [https]
15: France (Lyon 1) [https]        16: France (Lyon 2) [https]
17: France (Marseille) [https]     18: France (Paris 2) [https]
19: Germany (Falkenstein) [https]  20: Germany (Münster) [https]
21: Iceland [https]                22: Ireland [https]
23: Italy (Padua) [https]          24: Japan (Tokyo) [https]
25: Malaysia [https]               26: Mexico (Mexico City) [https]
27: New Zealand [https]            28: Norway [https]
29: Philippines [https]            30: Russia (Moscow) [https]
31: Serbia [https]                 32: Spain (A Coruña) [https]
33: Spain (Madrid) [https]         34: Switzerland [https]
35: Taiwan (Chungli) [https]       36: Turkey (Denizli) [https]
37: UK (Bristol) [https]           38: UK (Cambridge) [https]
39: UK (London 1) [https]          40: USA (CA 1) [https]
41: USA (IA) [https]               42: USA (KS) [https]
43: USA (MI 1) [https]             44: USA (TN) [https]
45: USA (TX) [https]               46: USA (WA) [https]
47: (HTTP mirrors)

Selection: 1

地理的に最も近いオプションを取得するために、RStudioが提供するコンテンツ配信ネットワーク（CDN）に接続する0-Cloudに1を入力しました。このミラーは、セッションの残りの部分のデフォルトとして設定されます。 Rを終了して再入力すると、ミラーを再度選択するように求められます。

注：ミラーのリストの前に、次の出力はパッケージがインストールされていた場所を示していました。

OutputInstalling package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

このサイト全体のパスは、Rをrootとして実行し、すべてのユーザーがパッケージを利用できるようにするための正しい場所であるために利用できます。

インストールが完了すると、txtplotをロードできます。

library('txtplot')

エラーメッセージがない場合、ライブラリは正常にロードされています。軸ラベルを使用した基本的なプロット関数を示す例を使用して、実際の動作を見てみましょう。 Rのdatasetsパッケージによって提供されるサンプルデータには、1920年代のデータに基づいて、車の速度と停止に必要な距離が含まれています。

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = "speed", ylab = "distance")

Output
      +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
  120 +                                                   *    +
      |                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
   20 +           *    *  * *       *                          +
      |  *      *    *                                         |
    0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
           5          10           15          20          25
                                speed

txtplotの詳細については、help（txtplot）を使用してください。

プリコンパイルされたパッケージは、install.packages()を使用してCRANからインストールできます。利用可能なものの詳細については、ミラーの[パッケージ]リンクの下に、名前または発行日別に整理された公式パッケージのリストを見つけることができます。

結論

Rが正常にインストールされたので、このガイドに興味があるかもしれません。オープンソースのRStudioサーバーをインストールします。これは、リモートLinuxサーバーで実行されているバージョンのRへのインターフェイスであり、IDEを完了したばかりのサーバーベースの展開。また、アクティブなコミュニティの最新の作業を活用するために、 GitHub、BitBucket、またはその他の場所から直接インストールする方法を学ぶことにも興味があるかもしれません。