序章
オープンソースのプログラミング言語であるRは、データ分析と統計計算の実行に広く使用されています。 R Foundation for Statistics Computingによってサポートされており、活発なコミュニティでますます人気があり、拡張可能な言語です。 Rは、特定の研究分野向けにユーザーが作成した多くのパッケージを提供しているため、多くの分野に適用できます。
このチュートリアルでは、Rをインストールし、公式の Comprehensive R Archive Network（CRAN）からパッケージを追加する方法を示します。
前提条件
このチュートリアルを実行するには、次の機能を備えたUbuntu20.04サーバーが必要です。
- 少なくとも1GBのRAM
sudo権限を持つroot以外のユーザー
この設定を行う方法については、初期サーバー設定ガイドに従ってください。
これらの前提条件が整ったら、始める準備ができています。
ステップ1—Rのインストール
Rは動きの速いプロジェクトであるため、最新の安定バージョンがUbuntuのリポジトリから常に入手できるとは限りません。そのため、CRANによって管理されている外部リポジトリを追加することから始めます。
注： CRANはネットワーク内にリポジトリを維持しますが、すべての外部リポジトリが信頼できるわけではありません。 信頼できるソースからのみインストールしてください。
まず、関連するGPGキーを追加しましょう。
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
コマンドを実行すると、次の出力が表示されます。
OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.cul0ddtmN1/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 gpg: key 51716619E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported gpg: Total number processed: 1 gpg: imported: 1
信頼できるキーを取得したら、リポジトリを追加できます。
20.04を使用していない場合は、リリースごとに名前が付けられた RProjectUbuntuリストから関連するリポジトリを見つけることができることに注意してください。 Ubuntu20.04はFocalFossaと呼ばれ、Rの最新バージョンは4.0.0であるため、以下のリポジトリの命名規則—focal-cran40。
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
表示される出力の中で、次のような行を特定する必要があります。
Output... Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ InRelease [3622 B] Get:8 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages [15.6 kB] ...
次に、新しいリポジトリからのパッケージマニフェストを含めるために、この後にupdateを実行する必要があります。
sudo apt update
出力行の1つが次のようになっていることを確認します。
Output... Hit:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ InRelease ...
updateコマンドの出力に上記の行が表示されている場合は、リポジトリが正常に追加されています。 古いバージョンを誤ってインストールすることはありません。
この時点で、次のコマンドを使用してRをインストールする準備が整いました。
sudo apt install r-base
インストールの確認を求められたら、yを押して続行します。
執筆時点で、CRANからのRの最新の安定バージョンは4.0.1であり、Rを起動すると表示されます。
システム上のすべてのユーザーにサンプルパッケージをインストールすることを計画しているため、ライブラリをすべてのユーザーが自動的に使用できるように、Rをrootとして起動します。 または、sudoを指定せずにRコマンドを実行すると、ユーザー用にパーソナルライブラリを設定できます。
sudo -i R
Output R version 4.0.0 (2020-04-24) -- "Arbor Day" Copyright (C) 2020 The R Foundation for Statistical Computing Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) ... Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 'help.start()' for an HTML browser interface to help. Type 'q()' to quit R. >
これにより、Rが正常にインストールされ、インタラクティブシェルに入ったことを確認できます。
ステップ2—CRANからのRパッケージのインストール
Rの強みの一部は、利用可能な豊富なアドオンパッケージです。 デモンストレーションの目的で、 txtplot をインストールします。これは、散布図、折れ線グラフ、密度プロット、acf、棒グラフを含むASCIIグラフを出力するライブラリです。
install.packages('txtplot')
注：次の出力は、パッケージがインストールされる場所を示しています。
Output... Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’ (as ‘lib’ is unspecified) ...
Rをルートとして実行したため、このサイト全体のパスを使用できます。 この場所では、すべてのユーザーがパッケージを利用できるようになります。
インストールが完了すると、txtplotをロードできます。
library('txtplot')
エラーメッセージがない場合、ライブラリは正常にロードされています。 軸ラベルを使用した基本的なプロット関数を示す例を使用して、これを実行してみましょう。 Rのdatasetsパッケージで提供されるサンプルデータには、1920年代のデータに基づいて、車の速度と停止に必要な距離が含まれています。
txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')
Output +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
120 + * +
| |
d 100 + * +
i | * * |
s 80 + * * +
t | * * * * |
a 60 + * * * * * +
n | * * * * * |
c 40 + * * * * * * * +
e | * * * * * * * |
20 + * * * * * +
| * * * |
0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
5 10 15 20 25
speed
txtplotについて詳しく知りたい場合は、Rインタープリター内からhelp(txtplot)を使用してください。
プリコンパイルされたパッケージは、install.packages()を使用してCRANからインストールできます。 利用可能なものの詳細については、名前別の利用可能なCRANパッケージリストを介して名前別に整理された公式パッケージのリストを見つけることができます。
Rを終了するには、q()と入力します。 ワークスペースの画像を保存する場合を除いて、プロンプトが表示されたらnを押すことができます。
結論
Rがサーバーに正常にインストールされたら、 RStudioサーバーのインストールに関するこのガイドに興味があり、完了したばかりのサーバーベースの展開にIDEを導入できます。 シャイニーサーバーをセットアップしてRコードをインタラクティブなWebページに変換する方法も学ぶことができます。
さまざまなツールを利用してRパッケージをインストールする方法の詳細については、 GitHub、BitBucket、またはその他の場所から直接インストールする方法を参照してください。 これにより、アクティブなコミュニティからの最新の作業を利用できるようになります。
