Debian9にRをインストールする方法

序章

Rは、統計計算とグラフィックスを専門とするオープンソースのプログラミング言語です。 R Foundation for Statistics Computingによってサポートされており、統計ソフトウェアの開発やデータ分析の実行に広く使用されています。活発なコミュニティでますます人気があり拡張可能な言語であるRは、特定の研究分野向けにユーザーが作成した多くのパッケージを提供しており、多くの分野に適用できます。

このチュートリアルでは、Rをインストールし、公式の Comprehensive R Archive Network（CRAN）からパッケージを追加する方法を示します。

前提条件

このチュートリアルを実行するには、次の機能を備えたDebian9サーバーが必要です。

少なくとも1GBのRAM
sudo権限を持つroot以外のユーザー

このセットアップを実現する方法については、Debian9初期サーバーセットアップガイドに従ってください。

これらの前提条件が整ったら、始める準備ができています。

ステップ1—依存関係のインストール

Rは動きの速いプロジェクトであるため、Debianのリポジトリから常に最新の安定バージョンを入手できるとは限りません。そのため、CRANが管理する外部リポジトリを追加する必要があります。これを行うには、Debian9クラウドイメージのいくつかの依存関係をインストールする必要があります。

証明書を管理およびダウンロードするネットワーク操作を実行するには、dirmngrをインストールして、外部リポジトリを追加できるようにする必要があります。

sudo apt install dirmngr --install-recommends

DebianにPPA参照を追加するには、add-apt-repositoryコマンドを使用する必要があります。このコマンドを使用できないインストールの場合は、software-properties-commonをインストールして、このユーティリティをシステムに追加できます。

sudo apt install software-properties-common

最後に、安全なプロトコルをHTTPSでサポートできるようにするために、次のツールをインストールします。

sudo apt install apt-transport-https

これらの依存関係が整ったら、Rをインストールする準備が整います。

ステップ2—Rのインストール

Rの最新バージョンでは、CRANリポジトリからインストールします。

注： CRANはネットワーク内にリポジトリを維持しますが、すべての外部リポジトリが信頼できるわけではありません。信頼できるソースからのみインストールしてください。

まず、関連するGPGキーを追加しましょう。

sudo apt-key adv --keyserver keys.gnupg.net --recv-key 'E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF'

コマンドを実行すると、次の出力が表示されます。

OutputExecuting: /tmp/apt-key-gpghome.k3UoM7WQGq/gpg.1.sh --keyserver keys.gnupg.net --recv-key E19F5F87128899B192B1A2C2AD5F960A256A04AF
gpg: key AD5F960A256A04AF: public key "Johannes Ranke (Wissenschaftlicher Berater) <[email protected]>" imported
gpg: Total number processed: 1
gpg:               imported: 1

信頼できるキーを取得したら、リポジトリを追加できます。 Debian 9（Stretch）を使用していない場合は、リリースごとに名前が付けられたサポートされているRProjectDebianブランチを確認できます。

sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/'

次に、新しいリポジトリからのパッケージマニフェストを含めるために、この後にupdateを実行する必要があります。

sudo apt update

表示される出力の中で、次のような行を特定する必要があります。

Output...
Get:6 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ InRelease [4,371 B]
Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/debian stretch-cran35/ Packages [50.1 kB]
...

上記の行がupdateコマンドからの出力に表示される場合は、リポジトリが正常に追加されています。古いバージョンを誤ってインストールすることはありません。

この時点で、次のコマンドを使用してRをインストールする準備が整いました。

sudo apt install r-base

インストールの確認を求められたら、yを押して続行します。

執筆時点で、CRANからのRの最新の安定バージョンは3.5.1であり、Rを起動すると表示されます。

システム上のすべてのユーザーにサンプルパッケージをインストールすることを計画しているため、ライブラリをすべてのユーザーが自動的に使用できるように、Rをrootとして起動します。または、sudoを指定せずにRコマンドを実行すると、ユーザー用にパーソナルライブラリを設定できます。

sudo -i R

Output
R version 3.5.1 (2018-07-02) -- "Feather Spray"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...
Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or
'help.start()' for an HTML browser interface to help.
Type 'q()' to quit R.

>

これにより、Rが正常にインストールされ、インタラクティブシェルに入ったことを確認できます。

ステップ3—CRANからのRパッケージのインストール

Rの強みの一部は、利用可能な豊富なアドオンパッケージです。デモンストレーションの目的で、 txtplot をインストールします。これは、散布図、折れ線グラフ、密度プロット、acf、棒グラフを含むASCIIグラフを出力するライブラリです。

install.packages('txtplot')

注：次の出力は、パッケージがインストールされる場所を示しています。

Output...
Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
. . .

Rをルートとして実行したため、このサイト全体のパスを使用できます。これは、すべてのユーザーがパッケージを利用できるようにするための正しい場所です。

インストールが完了すると、txtplotをロードできます。

library('txtplot')

エラーメッセージがない場合、ライブラリは正常にロードされています。軸ラベルを使用した基本的なプロット関数を示す例を使用して、これを実行してみましょう。 Rのdatasetsパッケージで提供されるサンプルデータには、1920年代のデータに基づいて、車の速度と停止に必要な距離が含まれています。

txtplot(cars[,1], cars[,2], xlab = 'speed', ylab = 'distance')

Output      +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
  120 +                                                   *    +
      |                                                        |
d 100 +                                                   *    +
i     |                                    *                *  |
s  80 +                          *         *                   +
t     |                                       * *    *    *    |
a  60 +                          *  *      *    *      *       +
n     |                        *         * *  * *              |
c  40 +                *       * *    *  *    * *              +
e     |         *      *  * *  * *  *                          |
   20 +           *    *  * *       *                          +
      |  *      *    *                                         |
    0 +----+-----------+------------+-----------+-----------+--+
           5          10           15          20          25   
                                speed

txtplotについて詳しく知りたい場合は、Rインタープリター内からhelp(txtplot)を使用してください。

プリコンパイルされたパッケージは、install.packages()を使用してCRANからインストールできます。利用可能なものの詳細については、名前別の利用可能なCRANパッケージリストを介して名前別に整理された公式パッケージのリストを見つけることができます。

Rを終了するには、q()と入力します。ワークスペースの画像を保存する場合を除いて、nを押すことができます。

結論

Rがサーバーに正常にインストールされたら、 RStudioサーバーのインストールに関するこのガイドに興味があり、完了したばかりのサーバーベースの展開にIDEを導入できます。シャイニーサーバーをセットアップしてRコードをインタラクティブなWebページに変換する方法も学ぶことができます。

さまざまなツールを利用してRパッケージをインストールする方法の詳細については、 GitHub、BitBucket、またはその他の場所から直接インストールする方法を参照してください。これにより、アクティブなコミュニティからの最新の作業を利用できるようになります。