Biopython-テスト手法

Biopythonには、さまざまな条件下でソフトウェアをテストするための広範なテストスクリプトがあり、ソフトウェアにバグがないことを確認します。テストスクリプトを実行するには、Biopythonのソースコードをダウンロードしてから、以下のコマンドを実行します-

python run_tests.py

これにより、すべてのテストスクリプトが実行され、次の出力が得られます-

Python version: 2.7.12 (v2.7.12:d33e0cf91556, Jun 26 2016, 12:10:39)
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3)]
Operating system: posix darwin
test_Ace ... ok
test_Affy ... ok
test_AlignIO ... ok
test_AlignIO_ClustalIO ... ok
test_AlignIO_EmbossIO ... ok
test_AlignIO_FastaIO ... ok
test_AlignIO_MauveIO ... ok
test_AlignIO_PhylipIO ... ok
test_AlignIO_convert ... ok
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...........................................

また、以下に指定されているように個々のテストスクリプトを実行することもできます-

python test_AlignIO.py

結論

私たちが学んだように、Biopythonはバイオインフォマティクスの分野で重要なソフトウェアの1つです。 Pythonで記述されているため（学習および記述が容易）、バイオインフォマティクスの分野でのあらゆる計算および操作に対処するための広範な機能を提供します。また、ほとんどすべての一般的なバイオインフォマティクスソフトウェアに簡単で柔軟なインターフェイスを提供して、その機能も活用しています。

Biopython-testing-techniques

Biopython-テスト手法

結論