Biopython-インストール

このセクションでは、Biopythonをマシンにインストールする方法について説明します。インストールは非常に簡単で、5分以上かかりません。

Biopythonは、Python 2.5以降のバージョンで動作するように設計されています。そのため、最初にpythonをインストールすることが必須です。コマンドプロンプトで以下のコマンドを実行します-

> python --version

以下に定義されています-

適切にインストールされている場合、Pythonのバージョンが表示されます。それ以外の場合は、最新バージョンのpythonをダウンロードしてインストールし、コマンドを再実行してください。

すべてのプラットフォームでコマンドラインからpipを使用してBiopythonを簡単にインストールできます。以下のコマンドを入力します-

> pip install biopython

次の応答が画面に表示されます-

Biopythonの古いバージョンを更新するには-

> pip install biopython –-upgrade

次の応答が画面に表示されます-

このコマンドを実行すると、古いバージョンのBiopythonおよびNumPy（Biopythonはそれに依存します）は、最新バージョンをインストールする前に削除されます。

これで、マシンにBiopythonが正常にインストールされました。 Biopythonが正しくインストールされていることを確認するには、Pythonコンソールで次のコマンドを入力します-

Biopythonのバージョンを示しています。

代替方法-ソースを使用してBiopythonをインストールする

ソースコードを使用してBiopythonをインストールするには、以下の指示に従ってください-

次のリンクからBiopythonの最新リリースをダウンロードします-https://biopython.org/wiki/Download

現在、最新バージョンは biopython-1.72 です。

ファイルをダウンロードし、圧縮アーカイブファイルを解凍し、ソースコードフォルダーに移動して、以下のコマンドを入力します-

> python setup.py build

これは、以下に示すように、ソースコードからBiopythonをビルドします-

今、以下のコマンドを使用してコードをテストします-

> python setup.py test

最後に、以下のコマンドを使用してインストールします-

> python setup.py install

Biopython-installation